ジョングリア孤児院で育ったジュディ･アボットは、ジョン･スミス（あしながおじさん）と名乗る会った事もない紳士の援助で、名門リンカーン記念女学院へ進学することができた。ジュディは女学院で、ルームメイトのサリーやジュリアとともに、陰鬱な孤児院での生活と打って変わった素晴らしい日々を過ごす。やがて、ジュリアの叔父ジャーヴィスと恋に落ち彼から告白を受けるが、孤児院出身であることを隠している負い目からそれを拒絶してしまう。しかし自らの誤りに気付いたジュディは、卒業式の日にみんなの前で身の上を明らかにする。そして卒業後の約束の日、恩人"あしながおじさん"と対面したジュディは、彼がジャーヴィスであることを知り、とうとう幸せを掴むのだった。